Accord alimentaire : ce que la Suisse reprendrait de l'UE, de la ferme au rayon

Le cho­co­lat au lait aux noix, la tomme d'al­page, le pain du bou­lan­ger, le pes­ti­cide du ma­raî­cher : tous en­tre­raient dans le champ d'un même texte. Le pro­to­cole sur la sé­cu­ri­té des ali­ments, l'un des ac­cords du paquet Suisse-UE, étend le droit eu­ro­péen à toute la chaîne ali­men­taire, de la pro­duc­tion à la dis­tri­bu­tion¹. Le Conseil fé­dé­ral cite lui-même le cho­co­lat au lait aux noix pour illus­trer ce qui y entre de nou­veau : les den­rées d'ori­gine non ani­male, jus­qu'ici hors accord².

Les 12 et 13 no­vembre 2026, la com­mis­sion de la science, de l'édu­ca­tion et de la culture du Conseil na­tio­nal (CSEC-N) se penche sur ce pro­to­cole³. Le Conseil des États l'a déjà ap­prou­vé. Mais le texte, censé rendre le paquet plus at­trac­tif, est devenu l'un des plus dis­cu­tés, au point que cer­tains par­ti­sans des ac­cords pro­posent de le sou­mettre au peuple sé­pa­ré­ment.

Ce qui change dans les assiettes et les ateliers

L'ac­cord agri­cole de 1999 est coupé en deux. Le volet agri­cole, avec les droits de douane, le libre-échange du fro­mage, le vin, le bio et les AOP, reste en l'état et n'est pas soumis à la re­prise dy­na­mique⁴. Tout le reste bas­cule dans un « espace commun de sé­cu­ri­té des ali­ments » : hy­giène, den­rées ali­men­taires, ali­ments pour ani­maux, santé ani­male et vé­gé­tale, pro­duits phy­to­sa­ni­taires, éti­que­tage et contrôles of­fi­ciels⁵. Dans ce do­maine, la Suisse serait trai­tée comme un État membre, à condi­tion d'ap­pli­quer l'en­semble des actes in­té­grés⁶. Au départ, cela re­pré­sente 61 actes lé­gis­la­tifs de l'UE, soit la ma­jo­ri­té des 94 actes repris par l'en­semble du paquet⁷.

Le mé­ca­nisme cen­tral est la re­prise dy­na­mique. Lorsque l'UE mo­di­fie une règle cou­verte, la Suisse s'en­gage à l'in­té­grer dans l'ac­cord. La dé­ci­sion passe par le comité mixte, où la Suisse doit donner son accord, puis la règle s'ap­plique di­rec­te­ment si elle est assez pré­cise⁸. Les actes d'exé­cu­tion de la Com­mis­sion s'ap­pli­que­raient même à titre pro­vi­soire dès leur entrée en vi­gueur dans l'UE, avant la dé­ci­sion for­melle, pour que les mêmes règles valent « en tout temps », par exemple lors d'un rappel de pro­duits ou d'une épi­zoo­tie⁹. La Suisse ne vote pas ces règles : elle est consul­tée lors de leur pré­pa­ra­tion, sans siéger là où elles sont adop­tées. Si elle refuse d'en re­prendre une, l'UE peut prendre des me­sures de com­pen­sa­tion, c'est-à-dire sus­pendre une partie des avan­tages prévus, et ce dans n'im­porte quel accord du marché in­té­rieur, pas seule­ment dans celui-ci¹⁰.

Concrè­te­ment, plu­sieurs choses changent. Les ad­di­tifs au­to­ri­sés se­raient les mêmes, dans les mêmes quan­ti­tés et au même ca­len­drier que dans l'UE, et la liste suisse des arômes in­ter­dits serait sup­pri­mée¹¹. Un nouvel ali­ment serait au­to­ri­sé par la Com­mis­sion eu­ro­péenne après éva­lua­tion de l'Au­to­ri­té eu­ro­péenne de sé­cu­ri­té des ali­ments (EFSA), et non plus par l'Of­fice fé­dé­ral de la sé­cu­ri­té ali­men­taire¹². Les sub­stances ac­tives des pes­ti­cides se­raient ap­prou­vées au niveau eu­ro­péen, avec par­ti­ci­pa­tion suisse, et les pro­duits au­to­ri­sés dans le cadre d'une zone géo­gra­phique com­mune, la Suisse gar­dant un droit de refus pour pro­té­ger la santé, l'en­vi­ron­ne­ment ou les eaux¹³. Une pé­pi­nière qui dé­livre des pas­se­ports phy­to­sa­ni­taires serait contrô­lée au moins une fois par an¹⁴.

En contre­par­tie, la Suisse de­vien­drait membre à part en­tière du sys­tème d'alerte rapide de l'UE sur les den­rées dan­ge­reuses et par­ti­ci­pe­rait à l'EFSA¹⁵. Elle a obtenu des ex­cep­tions : son régime des OGM, ses règles de dé­ten­tion et de trans­port des ani­maux, dont l'in­ter­dic­tion du tran­sit rou­tier de bétail de bou­che­rie, ses éti­que­tages sur les mé­thodes d'éle­vage dou­lou­reuses et la pos­si­bi­li­té d'im­por­ter du bœuf aux hor­mones pour le seul marché suisse¹⁶. Le coût pour la Confé­dé­ra­tion est estimé entre 10,5 et 12,3 mil­lions de francs par an dès 2028, avec jus­qu'à 24 postes sup­plé­men­taires en 2031¹⁷.

Des inspecteurs européens dans les fromageries ?

C'est la ques­tion qui re­vient le plus. Le rè­gle­ment eu­ro­péen sur les contrôles of­fi­ciels, le rè­gle­ment 2017/625, pré­voit que des ex­perts de la Com­mis­sion ef­fec­tuent des contrôles, y com­pris des audits, dans chaque État membre (ar­ticle 116). Dans un ar­ticle du 7 no­vembre, le Ne­bels­pal­ter sou­ligne que ce texte de­vien­drait ap­pli­cable à la Suisse et énu­mère les lieux qui pour­raient être concer­nés : ex­ploi­ta­tions agri­coles, fro­ma­ge­ries, abat­toirs, bou­che­ries, bou­lan­ge­ries, com­merces de détail¹⁸.

Le Conseil fé­dé­ral donne une autre lec­ture. Selon le Mes­sage, la Com­mis­sion dis­pose en prin­cipe envers la Suisse des mêmes com­pé­tences qu'en­vers un État membre. Elle peut mener des audits sur place, ac­com­pa­gner et ob­ser­ver les ins­pec­teurs suisses, comme elle le fait déjà depuis plus de vingt ans dans le do­maine vé­té­ri­naire. Mais les contrôles des fermes et des en­tre­prises res­tent l'af­faire des chi­mistes et des vé­té­ri­naires can­to­naux, et la Com­mis­sion n'ins­pecte pas elle-même les ex­ploi­ta­tions¹⁹. Lors du débat au Conseil des États, la li­bé­rale-ra­di­cale Petra Gössi (SZ) a ré­pon­du à cette crainte : « Cette peur, je peux vous l'en­le­ver », selon l'agence Keys­tone-ATS²⁰.

Les PME qui ne vendent qu'en Suisse

Le deuxième point de fric­tion touche les en­tre­prises qui n'ex­portent pas. Le pro­to­cole couvre toute denrée mise sur le marché suisse, quelle que soit sa des­ti­na­tion. Une bou­lan­ge­rie de quar­tier ou une petite fro­ma­ge­rie ap­pli­que­raient donc le droit eu­ro­péen comme une en­tre­prise ex­por­ta­trice. L'Union suisse des arts et mé­tiers (USAM) se dit « cri­tique » envers ce pro­to­cole et craint une charge ad­mi­nis­tra­tive sup­plé­men­taire pour les PME tour­nées vers le marché in­té­rieur²¹. Son pré­sident, le conseiller aux États Fabio Re­gaz­zi (Centre, TI), a estimé au Conseil des États que la né­ces­si­té de l'ac­cord n'était pas suf­fi­sam­ment éta­blie²².

Les par­ti­sans rap­pellent que la Suisse a déjà lar­ge­ment aligné son droit ali­men­taire. « Nous avons déjà au­jour­d'hui un droit ali­men­taire plus ou moins iden­tique à celui de l'UE », a fait valoir Be­ne­dikt Würth (Centre, SG)²³. Les règles d'hy­giène suisses suivent déjà les rè­gle­ments eu­ro­péens, et les al­lè­ge­ments pour les pe­tites quan­ti­tés ven­dues di­rec­te­ment, comme pour la vente oc­ca­sion­nelle sur les mar­chés ou les fêtes, se­raient main­te­nus²⁴. Le chan­ge­ment porte donc moins sur le conte­nu actuel des règles que sur leur évo­lu­tion : demain, elles sui­vraient celles de l'UE, sans que la Suisse puisse dé­ci­der seule de leur conte­nu.

Dans le monde agri­cole, l'Union suisse des pay­sans juge la voie bi­la­té­rale « in­évi­table », mais craint une perte de sou­ve­rai­ne­té dans les do­maines trans­fé­rés au pro­to­cole et pose ses condi­tions : sou­ve­rai­ne­té en po­li­tique agri­cole et ali­men­taire, pas de coûts in­dé­si­rables²⁵. La Fé­dé­ra­tion ro­mande des consom­ma­teurs y est fa­vo­rable avec des ré­serves et salue l'ac­cès au sys­tème d'alerte eu­ro­péen²⁶, et quinze can­tons ac­cueillent po­si­ti­ve­ment l'ex­ten­sion aux den­rées d'ori­gine non ani­male²⁷. Au Conseil des États, l'UDC Hannes Ger­mann (SH) a résumé l'ob­jec­tion de fond : « Nous n'avons plus aucune marge de ma­nœuvre po­li­tique propre ». La conseillère fé­dé­rale Eli­sa­beth Baume-Schnei­der a ré­pon­du que « la po­li­tique agri­cole de la Suisse reste au­to­nome »²⁸.

Le premier vote, et l'idée de le voter à part

Le 1er oc­tobre 2026, le Conseil des États a ap­prou­vé le pro­to­cole par 28 voix contre 14 et 2 abs­ten­tions²⁹. Sa com­mis­sion avait au­pa­ra­vant main­te­nu le droit de re­cours suisse contre les ho­mo­lo­ga­tions de pes­ti­cides et la sur­veillance suisse des eaux, et de­man­dé que le Par­le­ment soit as­so­cié aux mo­di­fi­ca­tions des actes eu­ro­péens aux­quels ren­voie la loi³⁰. Le plénum a en re­vanche refusé de donner au Conseil fé­dé­ral des com­pé­tences sup­plé­men­taires sur les pro­grammes de contrôle et d'im­po­ser aux can­tons une obli­ga­tion d'an­non­cer les fraudes ali­men­taires³¹.

Le paquet com­porte quatre ar­rê­tés soumis au ré­fé­ren­dum, dont un pour la sé­cu­ri­té des ali­ments, qui peuvent être votés sé­pa­ré­ment. Pour ce der­nier, le Conseil des États s'en est tenu au ré­fé­ren­dum fa­cul­ta­tif, alors qu'il a voulu sou­mettre le volet « sta­bi­li­sa­tion » au peuple et aux can­tons³². Le pro­to­cole ne peut tou­te­fois entrer en vi­gueur qu'avec le volet « sta­bi­li­sa­tion »³³. Fin sep­tembre, le conseiller na­tio­nal Simon Michel (PLR, SO), l'un des prin­ci­paux par­ti­sans du paquet, a plaidé pour dis­so­cier ce thème et le trai­ter sé­pa­ré­ment : « La po­pu­la­tion doit avoir le temps de com­prendre ce que nous pré­voyons dans le do­maine de la sé­cu­ri­té des ali­ments. » Son col­lègue UDC Franz Grüter (LU), qui voit dans le pro­to­cole une ré­gle­men­ta­tion « du champ à l'as­siette » por­teuse d'une « gi­gan­tesque bu­reau­cra­tie », juge la dé­marche « hau­te­ment peu sé­rieuse » : selon lui, on veut dé­cou­per le paquet pour le pré­sen­ter « par pe­tites bou­chées » à la po­pu­la­tion³⁴. Selon le Ne­bels­pal­ter, des mi­lieux fa­vo­rables aux ac­cords craignent que les agri­cul­teurs ne re­jettent l'en­semble du paquet à cause de ce pro­to­cole³⁵.

La suite

La CSEC-N rendra ses pro­po­si­tions au Conseil na­tio­nal après sa séance des 12 et 13 no­vembre. Il faudra sur­veiller trois points : si elle re­prend les ajouts du Conseil des États sur le rôle du Par­le­ment, si elle touche aux com­pé­tences de contrôle, et si l'idée d'un vote séparé, puis plus tardif, gagne du ter­rain. Le conte­nu du pro­to­cole, lui, ne peut plus être re­né­go­cié par le Par­le­ment, qui ne peut que l'ap­prou­ver ou le re­je­ter. Pour le détail des règles, des ex­cep­tions et des coûts, voir la page Ali­men­ta­tion et agri­cul­ture.